Pusztaszer consta de cuatro zonas distintas formadas por llanuras inundables con abundancia de árboles, meandros abandonados del río Tisza, estanques piscícolas, marismas sódicas inundadas temporalmente y depresiones sódico-alcalinas. El sitio se ubica a lo largo de una importante ruta de migración de aves en el valle del río Tisza y alberga más de 20 000 aves acuáticas que lo usan como lugar de descanso, alimentación y cría. Además, alberga aves acuáticas y otras especies amenazadas a escala internacional como la barnacla cuellirroja (Branta ruficollis), el halcón sacre (Falco cherrug) y el suslik europeo (Spermophilus citellus). Pusztaszer desempeña un papel importante en la captación y almacenamiento de aguas continentales y en la regulación del nivel freático. No obstante, hay considerables fluctuaciones estacionales y anuales en el nivel del agua que determinan la prevalencia de estructuras de hábitat de humedales sódico-alcalinos. Las tierras se utilizan sobre todo para la agricultura de pastizales, silvicultura y piscicultura. El aumento de la entrada de nutrientes procedentes de esta agricultura y acuicultura son las mayores amenazas, junto con la regulación del río y la invasión por especies exóticas como el árbol del paraíso (Eleagnus angustifolia). Hay un programa de investigación sobre la biodiversidad y de vigilancia de aves.