La Bahía de Tongoy se encuentra dentro del hotspot de biodiversidad de la región mediterránea de Chile central. Comprende tres humedales costeros: Salinas Chica, Salinas Grande y Pachingo, así como ecosistemas de dunas y llanos. A escala regional, este sitio Ramsar forma parte de una serie de humedales en zonas áridas que sirven como refugio y sitio de alimentación para más de 46 especies amenazadas a nivel local como internacional, entre ellas el sapo de Atacama (Rhinella atacamensis), así como a numerosas aves migratorias provenientes tanto del norte como del sur. El sitio brinda importantes servicios ecosistémicos para las comunidades humanas aledañas, en donde además de proveer agua para la agricultura y el ganado caprino, permite el desarrollo de un turismo ecológico incipiente.